L'Organisation de la MicroFrancophonie est régie par une Charte, adoptée le 27 mai 2016 et modifiée le 28 octobre 2017, le 6 mai 2018 et le 17 décembre 2018.

Charte établissant l'Organisation de la MicroFrancophonie, version modifiée du 17|12|2018.pdf |
Cette Charte dispose notamment que l'Organisation est dotée d'un organe délibérant (l'Assemblée générale composée des 15 membres de plein exercice), et d'un organe exécutif (le Conseil, composée de 6 membres permanents représentant les fondateurs et de 4 membres élus).
Le fonctionnement quotidien de l'OMF est assuré par le Secrétariat-général et Haut-Commissariat.
Le fonctionnement quotidien de l'OMF est assuré par le Secrétariat-général et Haut-Commissariat.
Le Secrétariat-général et le Haut-Commissariat
S.M.I. Olivier
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S.A.S. Jean-Pierre IV
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S.E. Dominic Desaintes
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L'Hon. Gaius Soergel Publicola
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La première Secrétaire-générale de l'Organisation a été S.A.S. Olivia-Eugénie, princesse d'Aigues-Mortes, de 2015 à 2017.
L'actuel Secrétaire-général, S.M.I. Olivier d'Angyalistan, lui a succédé en avril 2017 et a été réélu en avril 2019 pour un nouveau mandat de 2 ans. Les Secrétaires-généraux adjoints sont également élus tous les 2 ans, les années impaires.
L'actuel Secrétaire-général, S.M.I. Olivier d'Angyalistan, lui a succédé en avril 2017 et a été réélu en avril 2019 pour un nouveau mandat de 2 ans. Les Secrétaires-généraux adjoints sont également élus tous les 2 ans, les années impaires.